琴的死亡在《X战警》中造成了深远的影响，斯科特和金刚狼罗根（休·杰克曼 饰）陷入失落。学院的教学重任落在了风暴女（哈莉·贝瑞 饰）和金刚狼等人肩上，异种人在这里逐渐找到认同。某公司开发出了一种“解药”，可以使异种人的身体变得与常人无异，引发了异种人社区的强烈反应。万磁王（伊安·麦克莱恩 饰）号召不愿改变体质的异种人，用暴力反抗社会的不公。与此同时，金刚狼等人发现琴实际上并未死亡，她被唤醒的第二重人格拥有惊人的力量。X教授（帕特里克·斯图尔特 饰）和万磁王争夺琴，她的命运成为改变异种人世界的关键。