小玛丽（凯特·马伯里饰）失去父母后，被送到苏格兰的亲戚家。在这座美丽而神秘的庄园中，她发现了一个被锁住的秘密花园。玛丽偶然找到钥匙，打开了花园的大门，从此花园成为她与自然融合的圣地。她还带上了长期坐在轮椅上的表弟科林（海登·普劳斯饰），他在花园的神奇环境中逐渐恢复了自信与活力。朋友迪康（安德鲁·诺特饰）则在花园中与鸟儿们交谈，秘密花园成为了孩子们心中的天堂，改变了他们的生活和心灵。